2013年11月，复旦大学医院管理研究所揭晓了2012年度的《中国最佳医院排行榜》和《最佳专科声誉排行榜》，这是该研究所自2010年来，第三次发布同类型的榜单，由于评审过程独立客观，这两份榜单几年来一直受到医疗界的关注，也可以作为病人求医的有益指南。
在最佳医院（综合）排行榜上，北京协和医院连续第三年位居榜首，该医院的风湿病、妇产科、普通外科、神经内科四科室也在相关专科声誉排名中位列首位；病理科等四科在专科声誉中排第二名。从榜单来看，中国公立医院的资源分布仍然差异悬殊，在综合榜单前10名的医院中，北京和上海两市总共拥有6家，西南、西北地区的优质医疗资源则十分缺乏。
以同行评议的方式，研究所从专家库中抽取27个临床专科的800余名国内著名专家，发信并进行电话联系邀请担任评审专家。该些专家们综合考虑学科建设、临床技术与医疗质量、科研水平等因素，提名本专业领域内排名第一到第五的医院。根据专家的排名，得出了该专科领域的各医院平均声誉分值，通过排序产生了平均声誉分值的前五位医院和获得提名的医院名单。在最佳专科声誉排行榜的基础上，根据每所医院获得的各专科声誉排名，得出该医院所有专科的总分值，在此基础上综合该院科研学术水平总得分，评出中国最佳医院排行榜。
—— 纽约时报中文网编辑
2012年度最佳医院（综合）排行榜 （节选）
| 排名 | 医院 | 平均声誉值 |
| 1 | 北京协和医院 | 92.05 |
| 2 | 四川大学华西医院 | 89.38 |
| 3 | 中国人民解放军总医院 | 83.64 |
| 4 | 上海交通大学医学院附属瑞金医院 | 55.06 |
| 5 | 第四军医大学西京医院 | 50.35 |
| 6 | 复旦大学附属华山医院 | 49.63 |
| 7 | 复旦大学附属中山医院 | 46.41 |
| 8 | 中山大学附属第一医院 | 43.81 |
| 9 | 北京大学第一医院 | 43.08 |
| 10 | 华中科技大学同济医学院附属同济医院 | 42.04 |
| 11 | 北京大学人民医院 | 41.27 |
| 12 | 北京大学第三医院 | 28.14 |
| 13 | 浙江大学医学院附属第一医院 | 27.35 |
| 14 | 第二军医大学长海医院 | 27.30 |
| 15 | 中国医科大学附属第一医院 | 27.17 |
| 16 | 华中科技大学同济医学院附属协和医院 | 26.09 |
| 17 | 中南大学湘雅二医院 | 26.06 |
| 18 | 南方医科大学南方医院 | 26.04 |
| 19 | 上海交通大学医学院附属仁济医院 | 24.17 |
| 20 | 江苏省人民医院 | 22.98 |
| 21 | 中南大学湘雅医院 | 22.55 |
| 22 | 中山大学肿瘤防治中心 | 21.84 |
| 23 | 中国医学科学院阜外心血管病医院 | 21.40 |
| 24 | 首都医科大学附属北京安贞医院 | 21.22 |
| 25 | 上海交通大学医学院附属第九人民医院 | 20.82 |
| 26 | 广东省人民医院 | 20.46 |
| 27 | 山东大学齐鲁医院 | 19.99 |
| 28 | 第三军医大学西南医院 | 19.83 |
| 29 | 中国医学科学院肿瘤医院 | 19.68 |
| 30 | 首都医科大学北京宣武医院 | 18.85 |
| 31 | 中国医科大学附属盛京医院 | 18.83 |
| 32 | 中山大学附属第三医院 | 18.54 |
| 33 | 第二军医大学长征医院 | 18.23 |
| 34 | 首都医科大学附属北京同仁医院 | 17.86 |
| 35 | 上海市第六人民医院 | 17.75 |
| 36 | 复旦大学附属肿瘤医院 | 17.43 |
| 37 | 首都医科大学附属北京天坛医院 | 16.65 |
| 38 | 浙江医科大学附属第二医院 | 16.65 |
| 39 | 上海交通大学医学院附属新华医院 | 16.45 |
| 40 | 复旦大学附属儿科医院 | 15.86 |
| 41 | 中山大学孙逸仙纪念医院 | 15.24 |
| 42 | 首都医科大学附属北京儿童医院 | 14.75 |
| 43 | 南京大学医学院附属鼓楼医院 | 14.45 |
| 44 | 复旦大学附属眼耳鼻喉科医院 | 14.23 |
| 45 | 天津医科大学附属肿瘤医院 | 13.62 |
| 46 | 中山大学中山眼科中心 | 13.58 |
| 47 | 吉林大学第一医院 | 13.54 |
| 48 | 广州医科大学附属第一医院 | 13.45 |
| 49 | 天津医科大学总医院 | 13.39 |
| 50 | 苏州大学附属第一医院 | 13.26 |